Berdiri pada hari Selasa tanggal 29 Desember 2015, FST diresmikan oleh Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama RI bersama Rektor UIN Sumatera Utara Medan Alm. Prof. Dr. H. Nur A. Fadhil Lubis, MA dan Dewan Penyantun UIN Sumatera Utara Medan H. Anif yang diwakili oleh Drs.H. Musa Rajekshah, M.Hum bertempat di Aula UIN SU Medan Kampus II Jl. Willeam Iskandar, Pancing Medan.
Dekan Pertama Fakultas Sains dan Teknologi Prof. Dr. H. Al Rasyidin, M.Ag. Pada awalnya Fakultas Sains dan Teknologi memiliki lima program Studi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 273C/P/2014 tertanggal 9 Oktober 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan, yaitu Ilmu Komputer, Sistem Informasi, Matematika, Biologi dan Fisika. Penerimaan mahasiswa baru untuk kelima program studi tersebut dibuka terhitung sejak TA.2015/2016. Pada awalnya kelima prodi tersebut penyelenggaraannya dibawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Kependidikan. Minat dan antusias masyarakat cukup luar biasa untuk mendaftar di lima program studi baru tersebut. Fakultas Sains dan Teknologi terus berbenah diri untuk melengkapi berbagai sarana dan prasarana pendukung kegiatan akademik dan kemahasiswaan.
Pengembangan Fakultas dilakukan dengan menjalin kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah dan swasta. Pada Rapat Kerja Fakultas Sains dan Teknologi UIN SU tanggal 10 – 11 Pebruari 2017, Dekan ke-dua Fakultas Sains dan Teknologi Dr. H. M. Jamil, MA bersama dengan civitas akademika Fakultas Sains dan Teknologi meresmikan motto untuk Fakultas Sains dan Teknologi yaitu HEBAT (Honour, Excellent, Brave, Actual, Team). Dengan semangat HEBAT ini semoga ke depan Fakultas Sains dan Teknologi akan menjadi Fakultas yang sangat diminati oleh masyarakat.
Berbagai Pengembangan telah dilakukan, termasuk pengadaan laboratorium Biologi, Laboratorium Fisika, Laboratorium Komputer, Laboratorium Robotik, dan dari segi lainnya Fakultas Sains dan Teknologi. Fakultas Sains dan Teknologi UIN SU Medan telah menerapkan kebijakan Digitalisasi setiap kegiatan Fakultas Sains dan Teknologi dengan melaksanakan presensi online perkuliahan.Pencetakan KRS dan KHS Online, Paperless Office dan perpustakaan Online. Dan akan terus bertambah untuk kedepannya, hal ini sesuai dengan dengan 5 Pilar Fakultas Sains dan teknologi yaitu: Digitalization, Internationalization, Integration, Character building dan Acreditaion.
Di bawah kepemimpinan Dekan ketiga, Dr. Mhd. Syahnan, M.A., Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan menempati gedung baru yang berlokasi di kampus IV tuntungan serta dilengkapi dengan laboratorium terpadu. FST UIN Sumatera Utara Medan memiliki komitmen untuk berkembang menjadi lembaga Pendidikan Tinggi Islam kelas dunia (World Class Faculty). World Class Faculty adalah fakultas yang mendapatkan pengakuan global, yang ditandai dengan reputasi akademik yang unggul, lulusan yang berdaya saing, jumlah sitasi dosen yang tinggi, rasio dosen dan mahasiswa yang ideal, serta jumlah mahasiswa dan dosen asing yang tinggi. Kerangka kebijakan FST UIN Sumatera Utara Medan dalam merumuskan visi, misi dan programnya merujuk kepada penetapan kebijakan dan aturan di tingkat universitas. Substansi dari berbagai regulasi tersebut menunjukkan adanya orientasi yang kuat pada peningkatan mutu dan daya saing perguruan tinggi yang berbanding lurus dengan tuntutan terhadap penguatan posisi strategis perguruan tinggi. Dalam berbagai penetapan kebijakan dan aturan di tingkat universitas telah menempatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi sebagai garda terdepan dalam proses peningkatan daya saing bangsa dalam kancah internasional. Untuk itu, merujuk kepada penetapan visi, misi, dan tujuan (VMT) di tingkat universitas, berikut adalah VMT dari FST UIN Sumatera Utara Medan sebagai UPPS dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi bidang sains dan teknologi tahun 2020-2024:
Para periode Dekan Keempat, Dr. Zulham, M,.Hum, FST UINSU semakin menjukkan kiprahnya di kancah nasional. Pada periode ini, lima Program Studi yang dimiliki Fakultas mendapatkan akreditasi Baik Sekali. Pencapaian akreditasi ini menjadi momentum bagi FST untuk meningkatkan kiprahnya di kancah internasional. Berbagai program kemitraan semakin dikembangkan baik di tingkat nasional dan internasional.