Berdiri pada hari Selasa tanggal 29 Desember 2015, FST diresmikan oleh Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama RI bersama Rektor UIN Sumatera Utara Medan Alm. Prof. Dr. H. Nur A. Fadhil Lubis, MA dan Dewan Penyantun UIN Sumatera Utara Medan H. Anif yang diwakili oleh Drs.H. Musa Rajekshah, M.Hum bertempat di Aula UIN SU Medan Kampus II Jl. Willeam Iskandar, Pancing Medan.
Dekan Pertama Fakultas Sains dan Teknologi Prof. Dr. H. Al Rasyidin, M.Ag. Pada awalnya Fakultas Sains dan Teknologi memiliki lima program Studi sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 273C/P/2014 tertanggal 9 Oktober 2014 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Pada Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan, yaitu Ilmu Komputer, Sistem Informasi, Matematika, Biologi dan Fisika. Penerimaan mahasiswa baru untuk kelima program studi tersebut dibuka terhitung sejak TA.2015/2016. Pada awalnya kelima prodi tersebut penyelenggaraannya dibawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Kependidikan. Minat dan antusias masyarakat cukup luar biasa untuk mendaftar di lima program studi baru tersebut. Fakultas Sains dan Teknologi terus berbenah diri untuk melengkapi berbagai sarana dan prasarana pendukung kegiatan akademik dan kemahasiswaan.
Pengembangan Fakultas dilakukan dengan menjalin kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah dan swasta. Pada Rapat Kerja Fakultas Sains dan Teknologi UIN SU tanggal 10 – 11 Pebruari 2017, Dekan ke-dua Fakultas Sains dan Teknologi Dr. H. M. Jamil, MA bersama dengan civitas akademika Fakultas Sains dan Teknologi meresmikan motto untuk Fakultas Sains dan Teknologi yaitu HEBAT (Honour, Excellent, Brave, Actual, Team). Dengan semangat HEBAT ini semoga ke depan Fakultas Sains dan Teknologi akan menjadi Fakultas yang sangat diminati oleh masyarakat.
Berbagai Pengembangan telah dilakukan, termasuk pengadaan laboratorium Biologi, Laboratorium Fisika, Laboratorium Komputer, Laboratorium Robotik, dan dari segi lainnya Fakultas Sains dan Teknologi. Fakultas Sains dan Teknologi UIN SU Medan telah menerapkan kebijakan Digitalisasi setiap kegiatan Fakultas Sains dan Teknologi dengan melaksanakan presensi online perkuliahan.Pencetakan KRS dan KHS Online, Paperless Office dan perpustakaan Online. Dan akan terus bertambah untuk kedepannya, hal ini sesuai dengan dengan 5 Pilar Fakultas Sains dan teknologi yaitu: Digitalization, Internationalization, Integration, Character building dan Acreditaion.