Fakultas Sains dan Teknologi(FST) mulai terbentuk di tahun 2015 Sebagai konsekuensi perubahan IAIN menjadi UIN, dimana UINSU membuka Fakultas bidang umum. Dengan upaya-upaya yang telah dilakukan dan atas berkat doa semua civitas akademika, alih status IAIN SU menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) Sumatera Utara telah disetujui dengan Perpres No. 131/2014 Link tanggal 16 Oktober 2014 oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Sebelum berdirinya Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Sumatera Utara Medan telah mendapatkan izin penyelenggaraan program studi berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 273 C/P/2014 Link
Secara resmi FST berdiri pada hari Selasa tanggal 29 Desember 2015, FST diresmikan oleh Direktur Perguruan Tinggi Agama Islam Kementerian Agama RI bersama Rektor UIN Sumatera Utara Medan Alm. Prof. Dr. H. Nur A. Fadhil Lubis, MA dan Dewan Penyantun UIN Sumatera Utara Medan H. Anif yang diwakili oleh Drs.H. Musa Rajekshah, M.Hum bertempat di Aula UIN SU Medan Kampus II Jl. Willeam Iskandar, Pancing Medan.
Pada tahun 2016 Rektor UIN Sumatera Utara Medan Bapak Prof. Dr. H. Nur A. Fadhil Lubis, M.A, menerbitkan Surat Keputusan Rektor Nomor 116 Tahun 2016 Link tentang Penempatan Program Studi Pada Fakultas Di Lingkungan UIN Sumatera Utara Medan. Program Studi yang kemudian ditempatkan di Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan adalah: Ilmu Komputer, Sistem Informasi, Matematika, Biologi, dan Fisika. Penyelenggaraan kelima program studi tersebut dibuka terhitung sejak T.A. 2015/2016. Pada awalnya kelima prodi tersebut diselenggarakan di bawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan.
Dekan pertama Fakultas Sains dan Teknologi dimasa periode pertama beroperasinya di tahun 2015-2016 adalah Alm. Prof. Dr. H. Al Rasyidin, M.Ag, yang didampingi oleh para wakil dekan saat itu adalah, Wakil Dekan 1 bidang akademik dan kelembagaan adalah Dr. Abdul Halim Daulay, S.T., M.Si, Wakil Dekan 2 bidang administrasi dan keuangan Almh. Dr. Aisyah, M.Ag, Wakil Dekan 3 bidang kemahasiswaan dan alumni adalah Dr. Wahyudin Nur Nasution, M.Pd dan Kepala Tata Usaha (KTU) Drs. Asy’ari, MM.
Saat itu Fakultas Sains dan Teknologi terus berbenah diri untuk melengkapi berbagai sarana dan prasarana pendukung kegiatan akademik dan kemahasiswaan. Pengembangan fakultas dilakukan dengan menjalin kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah dan swasta. Fakultas Sains dan Teknologi berlokasi di Kampus I, Jl. IAIN No. 1 Medan, yang menempati Gedung Kuliah Bersama H. Anif lantai 1 (satu) sebagai pusat administrasi fakultas. Sementara Untuk ruang kelas menempati di lantai 2, dan lantai 3 Gedung Pasca Sarjana UINSU.
Pasca dengan wafatnya Rektor UINSU, Alm. Prof. Dr. H. Nur A. Fadhil Lubis, MA maka perubahan pimpinan dan struktural UIN SU Medan juga mempengaruhi perubahan pimpinan di FST. Oleh karena itu pada periode tahun 2016-2020 Fakultas Sains dan Teknologi memiliki Dekan kedua yaitu Bapak Dr. H. M. Jamil, M.A. Pada tanggal 20 Juni 2022 berdasarkan Surat Perintah Rektor nomor B-973/Un.11.R /B.I1a/KS.01.1/06/2022 yang selanjutnya didampingi oleh Wakil Dekan 1 bidang akademik dan kelembagaan adalah Dr. Rina Filia Sari., M.Si, Wakil Dekan 2 bidang administrasi dan keuangan Noor Azizah, M.Hum, Wakil Dekan 3 bidang kemahasiswaan dan alumni adalah Nurul Huda Prasetiya, M.A dan Kepala Tata Usaha (KTU) tetap dengan Drs. Asy’ari, MM, Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan saat itu masih beroperasi di kampus 1 UINSU Medan.
Pada Rapat Kerja Fakultas Sains dan Teknologi UIN Sumatera Utara Medan tanggal 10 – 11 Februari 2017, Dekan kedua Fakultas Sains dan Teknologi Dr. H. M. Jamil, M.A. bersama dengan warga kampus Fakultas Sains dan Teknologi meresmikan motto untuk Fakultas Sains dan Teknologi yaitu HEBAT (Honour, Excellent, Brave, Actual, Team).
Pengembangan Fakultas juga dilakukan dengan menjalin kerjasama dengan berbagai instansi kali ini sudah merambah ke kerjasama dengan kampus di luar negeri (Prancis). Dengan semangat HEBAT ini harapannya semoga Fakultas Sains dan Teknologi akan menjadi Fakultas yang sangat diminati oleh masyarakat.
Selanjutnya Dekan periode ketiga (2020-2023) ialah Dr. Mhd. Syahnan, M.A yang didampingi oleh Wakil Dekan 1 bidang akademik dan kelembagaan adalah Dr. Abdul Halim Daulay, S.T., M.Si, Wakil Dekan 2 bidang administrasi dan keuangan Dr. Achyar Zein, M.A, Wakil Dekan 3 bidang kemahasiswaan dan alumni adalah Dr. Sahdin Hasibuan, M.A dan Kepala Tata Usaha (KTU) Hafni Hafsah, S.Ag, MM. Di bawah kepemimpinan Dr. Mhd Syahnan M.A Fakultas Sains dan Teknologi menempati gedung baru yang berlokasi di kampus IV UINSU Tuntungan yang sudah dilengkapi dengan laboratorium terpadu berteknologi tingkat tinggi.
Sebagai perwujudan kampus internasional yang didanai oleh Islamic Development Bank (IsDB). FST memiliki komitmen untuk berkembang menjadi lembaga Pendidikan Tinggi Islam kelas dunia (World Class Faculty). World Class Faculty adalah fakultas yang mendapatkan pengakuan global, yang ditandai dengan reputasi akademik yang unggul, lulusan yang berdaya saing, jumlah sitasi dosen yang tinggi, rasio dosen dan mahasiswa yang ideal, serta jumlah mahasiswa dan dosen asing yang tinggi.
Berbagai Pengembangan telah dilakukan, termasuk pengadaan laboratorium Biologi, Laboratorium Fisika, Laboratorium Komputer, Laboratorium Jaringan Komputer dan Robotik, dll. Fakultas Sains dan Teknologi telah menerapkan kebijakan Digitalisasi pada setiap kegiatan akademik, perkuliahan serta pembelajaran dengan melaksanakan presensi online, e-elarning, pencetakan KRS dan KHS online, persuratan mahasiswa online, paperless office dan perpustakaan online. Dan akan terus bertambah untuk kedepannya, hal ini sesuai dengan dengan 5 Pilar Fakultas Sains dan teknologi yaitu: Digitalization, Internationalization, Integration, Character building dan Acreditaion.
Para periode Dekan Keempat (2023-2027), Dr. Zulham, M,.Hum, yang didampingi oleh Wakil Dekan 1 bidang akademik dan kelembagaan adalah Dr. M. Ridwan, M.Ag., Wakil Dekan 2 bidang administrasi dan keuangan Dr. Nurhanifah, M.A, Wakil Dekan 3 bidang kemahasiswaan dan alumni adalah Prof. Dr. Achyar Zein, M.Ag dan Kepala Tata Usaha (KTU) Dra. Zakiah Lubis, M.A FST semakin menjukkan kiprahnya di kancah nasional. Pada periode ini, lima Program Studi yang dimiliki Fakultas mendapatkan akreditasi Baik Sekali.
Pencapaian akreditasi ini menjadi momentum bagi FST untuk meningkatkan kiprahnya di kancah internasional. Berbagai program kemitraan semakin dikembangkan dan dilaksanakan baik di tingkat nasional dan internasional.